武蔵野音楽大学では、音楽学部のもとに、器楽学科、声楽学科、ヴィルトゥオーソ学科、作曲学科、音楽学学科、音楽教育学科、音楽環境運営学科の、計7つの学科が組織されています。
現在、大学における学部の教育では、まず専門教育の基礎・基本を重視し、深い教養や実践的な語学力などを身につけ、学生が自ら主体的に学び、考え、総合的に物事を判断する力を育てることが重要であるといわれます。そのために本学では、専攻実技はもちろん、音楽理論や音楽史などの基礎科目の充実、徹底をはかるとともに、特に上級学年では、学生のさまざまな進路に応じて、専門科目の選択肢を拡げています。また、ソルフェージュ、英語などは、学年ごとに習熟度別のクラスを編成し、学修効果の向上をはかっています。さらに、人間形成のための教育は、授業科目の中だけで完結するものではないと考え、年間行事、正課外活動、サークル活動、寮生活なども支援し、これらを通して指導者側と学生が一体となって、日々のたゆまぬ向上に努めています。
なお、ヴィルトゥオーソ学科および音楽環境運営学科を除く5学科では、定められた課程の単位を修得した学生に、音楽の教育職員免許状（中学校、高等学校教諭一種免許状）が、また、音楽環境運営学科では同様に、学芸員の資格が与えられます。